風冷微波設備和水冷微波設備是指微波設備的電器部分采用的是風冷或是水冷，對整個設備來說，唯一不同的是電器的冷卻方式。其它電性能不變。
微波設備電器部分由微波磁控管、微波變壓器、微波硅堆、微波電容和低壓電器組成。微波設備中主要發熱的是磁控管及變壓器兩個部件，在工作時，由于變壓器要實現電壓的升壓轉換，磁控管負責把電能轉化為微波能。這兩個器件的工作溫度均有超過100度的可能。為了保證這種兩器件的使用壽命，必有效控制這兩種器件的最高工作溫度，所以在設計時要充分考慮設備的散熱問題。
一般來說，比如微波木材烘干設備每天的工作時間需要超過16個小時，由于工作時間較長，建議采用水源對磁控管和變壓器進行冷卻。如果每天工作時間較短則可能考慮用風冷散熱。
采用風冷時一般只需采用軸流風機即可，如果要采用水冷方式，即還需要建水池和冷卻塔，冷卻前的進水溫度要控制在32度以下，器件的使用壽命可大大加強，可連續20小時以上工作不停機生產。水冷設備一般適用于當作微波干燥設備用來干燥的產品要求較低（達到1%以下），且是粉狀物料或化工原料，綜合考慮粉塵對電器的保護，建議采用水冷+油冷散熱方式的微波設備。
風冷散熱是早期工業微波的主要散熱方式，優點是維修簡便，無需輔助配套。缺點是不宜長時間連續使用，尤其在粉塵多、潮濕、有腐蝕性氣體的環境中穩定性很差。風冷的變壓器工作耐溫可達到180度左右，如果環境通風良好，環境溫度在40度以下，風冷變壓器可以長期使用，但我們不建議風冷設備超過12小時連續不停機生產，建議用戶使用8-10時候停機30分鐘冷卻后再開啟。
